La cripta di San Sebastiano, molto più grande di quella di San Pietro, non presenta la netta separazione architettonica tra “naos” e “Vima” come l’altra; essa è situata in fondo a via Neviera, anche questa si trova all’interno del cortile di un’abitazione privata, ma è  di più facile accesso. La cripta è orientata secondo l’asse Est-Ovest con due altari ad Est ed uno a Nord, tutti addossati al muro; ha una forma di un quadrilatero con un pilastro centrale sul quale è scavata una nicchia. L’accesso originale si trovava ad Ovest, ma ora, in seguito alla costruzione di alcune abitazioni, è stato murato ed alla cripta si accede da un ingresso a Sud mediante alcuni scalini. Lungo tutto il perimetro delle pareti ed intorno al pilastro centrale si trova un gradino, alto circa 50 cm, che fungeva sicuramente da sedile. Nella roccia tufacea che costituisce il pavimento si notano degli scavi che sembrano quelli della base di un torchio per la spremitura dell’olio, segno questo che, per qualche tempo, la cripta possa essere stata adibita a questo scopo. L’altezza media del soffitto è di 2,25m. Il ciclo pittorico è molto interessante e variegato. Ci sono tracce di affreschi su tutte le pareti e sul pilastro centrale, sul quale si staglia un’elegante immagine di San Sebastiano con un’iscrizione votiva in greco che recita: “Ricordati, o Signore, del servo di Dio protopapa Pasquale” . Sulla parete Nord persistono tuttora tracce di affreschi che dovevano appartenere ad una Vergine col Bambino , a San Francesco ed ad un’Annunciazione. Su quest’ultima si possono leggere le lettere   MHR  (Madre)  ed  A  G (Angelo Gabriele). E’ inoltre presente l’iscrizione “Ricordati o Signore della tua serva… anno 7018” (che corrisponde al 1509-1510). Sulla parete Est possiamo ammirare una rarissima “sinopia”   color ocra, rappresentante la Resurrezione. Sulla stessa parete si staglia evidentissima, su di un altare addossato alla parete, la raffigurazione della Santissima Trinità, del tipo francescano, come quella presente nella cappella dello Spirito Santo o della cripta della Favana a Veglie. Anche qui un’iscrizione: “Ricordati o Signore del tuo servo… 7018 (1509-1510)”.  Un’altra immagine di San Sebastiano insieme ad un santo anonimo. Qui troviamo un’iscrizione di tipo latino che recita:” MEMENTO FAMULO TUO  PHOEREGRINO RICARDO DE STERNATIA MDXXX” (Ricordati del tuo servo il pellegrino Riccardo da Sternatia).