La Cripta di San Sebastiano rappresenta uno dei simboli più evidenti della presenza bizantina a Sternatia.

San Sebastiano è stato un martire cristiano, morto a Roma nel 288 d.C. durante i primi anni del regno dell'Imperatore Diocleziano. Convertì al cristianesimo molti pagani prima di essere scoperto e condannato a morte: fu trafitto da frecce e poi finito a bastonate.

E' il santo patrono degli arcieri ed è considerato protettore contro la peste e le malattie virali. La chiesa cripta è stata scavata tra il IX e l'XI secolo d. C. Si trova nei pressi di via Neviera e vi si accede attraverso un corridoio aperto e un ingresso costituito da alcuni gradini. L'ingresso attuale non è quello originale, che invece si trova murato nella parte sinistra rispetto a chi entra. Il pavimento è in terra battuta; il soffitto ha un'altezza media di 2,25 metri. Negli ultimi anni la cripta ha subito un'opera di restauro, per cui si è reso più sicuro l'accesso. A pianta quadrangolare, la cripta è suddivisa in due navate da un pilastro centrale. Lungo tutte le pareti corre un gradino – sedile. Vi sono poi tre altari di tipo latino, orientati ad est. Gli affreschi e le immagini di un tempo si sono conservati a noi in condizioni purtroppo non perfette. E' possibile, tuttavia, riconoscere alcuni riquadri che recano immagini sacre: la figura più visibile è quella di San Sebastiano, affrescata sul pilastro, insieme ad un'iscrizione votiva. Sulle altre pareti, sono riconoscibili le rappresentazioni pittoriche de l'Annunciazione, di San Francesco e ancora di San Sebastiano. Questo luogo di culto era strettamente legato alla comunità greca di Sternatia: nel 1608 si ha notizia, infatti, che la chiesa era aperte al pubblico e officiata. La cripta è la prima in Puglia dedicata a San Sebastiano. Ricorrenza: 20 gennaio

Fino a qualche anno, nei pressi della cripta, il centro giovanile organizzava una festa commemorativa fatta di musica, stand gastronomici e con la caratteristica accensione di un falò.
Nella tradizione contadina, il giorno di San Sebastiano segna l'inizio del periodo di coltivazione dei ceci. Non a caso tra i contadini ancora oggi è noto il proverbio:
De Santu Sobistianu, lu ciceru a manu!